A lelkiismereti és vallásszabadság jogáról, valamint az egyházak, vallásfelekezetek és vallási közösségek jogállásáról szóló törvény beiktatása a magyar jogba a jogfosztás és a szabadság megnyirbálásának egyik legsúlyosabb esete volt a rendszerváltás óta. A Társaság a Szabadságjogokért jogvédő szervezet (TASZ) kilenc, státuszától megfosztott egyház képviseletében az Alkotmánybírósághoz és az Emberi Jogok Európai Bíróságához fordult a törvény által okozott jogsérelmek orvoslása érdekében.

Az Alkotmánybírósághoz a megváltozott szabályok miatt törvény ellen csak egyéni panaszos, és ő is csak kivételes esetben fordulhat. A törvény lényeges pontjain sérti az egyházak és a polgárok Magyarország Alaptörvényében biztosított gondolat-, lelkiismeret- és vallásszabadságát, egyenlőséghez való jogát, jogorvoslathoz való jogát, valamint mindezekkel összefüggésben a jogállamiság követelményeit, illetve sérti a szintén az Alaptörvényben foglalt nemzetközi jogi kötelezettségeket. Az Emberi Jogok Európai Bíróságához beadott kérelem alapja is az, hogy a jogsértő állapotot közvetlenül magának a törvénynek a hatályba lépése idézte elő: a törvény ellentétes a panaszosoknak az Európai Emberi Jogi Egyezményben biztosított tisztességes tárgyaláshoz és hatékony jogorvoslathoz való jogával, a gondolat-, lelkiismeret és vallásszabadsághoz való jogával, valamint a megkülönböztetés tilalmával (a lelkiismereti szabadsággal összefüggésben).

A jogállamiság követelményének a sérelmét elsősorban az alapozza meg, hogy a törvény szerzett és törvényesen gyakorolt jogaiktól fosztotta meg az egyházakat. A sérelmet súlyosbítja, hogy a törvény hatályba lépése előtt a címzetteknek mindössze egy napjuk volt arra, hogy megismerjék a normaszöveget, és felkészüljenek az egyházként történő elismerés feltételeit jelentősen átalakító új szabályok alkalmazására, mely szabályok több ponton nem is egyértelműek.

A tisztességes tárgyaláshoz és a hatékony jogorvoslathoz való jog abszolút sérelmét jelenti az, hogy a törvény az egyházként való elismerésre az Országgyűlést hatalmazza fel, amelynek önkényes, indokolást nélkülöző döntése ellen nem lehet a hazai jog szerint jogorvoslattal élni, a döntés ellen nincs kihez fellebbezni (az alkotmányjogi panasz sem tekinthető hatékony jogorvoslatnak).

A törvény a gondolat, a lelkiismeret és a vallásszabadságot sérti azzal, hogy
a) túl szigorú feltételekhez köti az egyházalapítást
b) túl széles mérlegelési lehetőséget biztosít az elismerés irányi kérelem elutasítására
c) nem biztosítja az állam semlegességét, mert a vallás fogalmának meghatározása nem semleges az egyes világnézetek tekintetében
d) nem biztosítja az állam és az egyház szétválasztásának az elvét, mert amíg az elismerésről a parlament dönt, addig az a pártpolitikai erőviszonyok, és nem normatív kritériumoknak való megfelelés függvénye.

Nem mér egyenlő mércével a törvény akkor, amikor vallásnak csak azt tekinti, ami megfelel az említett definíciónak, és akkor sem, amikor az önkényesen kiválasztott egyházakon nem kéri számon a megszigorított követelményeket, mindenki máson viszont igen. Azok a megkülönböztetések, amelyek a törvényen alapulnak, nélkülözik az ésszerű és arányos indokokat.